个人简介 马小科，教授，博士/硕士生导师，分别于2005年、2008年和2012年获得信息与计算科学理学学士、计算机软件与理论工学硕士、计算机应用技术工学博士学位。

2019年7月--至今，西安电子科技大学，教授（年限破格） 2016年7月--2019年6月，西安电子科技大学，副教授（年限破格） 2015年6月--2016年6月，西安电子科技大学，讲师 2012年4月--2015年5月，爱荷华大学(美国)，博士后 2008年8月--2012年3月，西安电子科技大学，博士 主要从事数据挖掘与机器学习、医学影像处理、生物信息学等领域的研究工作。在国际期刊IEEETKDE、PatternRecognition、CellStemCell、Bioinformatics、PLoSComputationalBiology等发表SCI检索的论文50多篇，其中第一作者/通信作者论文40余篇,CCFA类期刊2篇、中科院一区5篇，CCFB类期刊15篇、IEEETrans长文5篇，单篇最高影响因子23.96。GoogleScholar统计引用2000余次，其中SCI引用700多次，被美国科学院院士、图灵奖获得者引用与积极评价，被PhysicsReports(影响因子：23.79)、NatureReviewGenetics（(影响因子：42.19）长篇引用。

主持国家自然科学基金面上项目、青年基金、省自然科学基金等项目10余项，参与国家自然科学基金重大、重点项目3项，获中国电子学会科技技术奖二等奖一项、陕西省优秀博士毕业论文奖、入选首届华山学者菁英人才计划。

科学研究 主持项目：

[1]国家自然科学基金面上项目编号：617723942018.01--2021.12

[2]国家自然科学基金面上项目编号：616724062017.01--2020.12(Co-PI)

[3]国家自然科学基金青年基金编号：615023632016.01--2018.12

[4]陕西省留学人员科技活动择优资助项目(优秀类)编号：20180032019.01-2020.12

[5]陕西省自然科学基金编号：2019JM-2402019.01--2020.12

[6]陕西省自然科学基金编号：2016JQ60442016.01--2017.12

[7]宁波市自然科学基金编号：2018A6100482019.01--2020.12

[8]宁波市自然科学基金编号：2016A6100342016.01--2017.12

[9]中央高校科研基本业务费编号：JB1803042018.01--2019.12

[10]中央高校科研基本业务费编号：JB1603062016.01--2017.12

[11]华山学者菁英人才计划基金2015.06--2019.06

参与项目：

[1]国家自然科学基金重点项目编号：615320142016.01--2020.12主要参与人

[2]国家自然科学基金重大研究计划培育项目编号：911300062012.01--2016.12主要参与人

[3]国家自然科学基金面上项目编号：616723072017.01--2020.12第一参与人

[4]国家自然科学基金面上项目编号：611730932012.01--2016.12主要参与人

[5]国家自然科学基金面上项目编号：610721032011.01--2014.12主要参与人

学术论文 在国际著名期刊IEEETKDE、PatternRecognition、CellStemCell、Bioinformatics、PLoSComputationalBiology等发表SCI检索的论文50多篇，其中第一作者/通信作者论文40余篇。

荣誉获奖 [1]2014首届华山学者菁英人才计划

[2]2014西电优秀科研成果奖一等奖

[3]2015中国电子学会科学技术奖（自然科学类）二等奖

[4]2016西安电子科技大学优秀博士毕业论文

[5]2016陕西省优秀博士毕业论文

[6]2018陕西省留学人员科技活动择优资助（优秀类资助项目）

科研团队 机器学习与医学应用

马小科教授 孙鹏岗副教授 王屿副教授 博士研究生

2019级：吴文铭

硕士研究生

2018级：谭诗吟，李东远，夏祖恒，马长洲，张本辉（联合指导），马志宇（联合指导）

2019级：黄志豪，冯宇，李子杰，卢浩，赵伟

课程教学 本科生教学

数据挖掘（双语） 概率论与数理统计 研究生教学

机器学习 生物信息学

关于研究生招生的信息：

1）每年拟招收1-2名博士研究生，5-6名硕士研究生，学校、性别不限。

2）报考之前请先通过Email（Email地址见个人信息栏），提供成绩单和尽量详细的简历。

3）要求数学功底扎实、编程能力强、善于交流。

4）欢迎跨专业（数学、生物、医学相关）报考。

欢迎报考！

1．数据挖掘与机器学习

图数据挖掘算法与理论 低秩稀疏矩阵分解算法 机器学习（统计学习、深度学习、迁移学习） 2.医学影像处理

影像精准分割与识别 影像基因组学 3．生物信息学

二代/三代测序数据分析 多组学数据集成分析与应用

担任IEEEPAMI、TKDE等10多个国际期刊的审稿人、CCF生物信息学专委会委员、CCF医学数据挖掘专委会委员等职务。

部分发表论文与专著：

2019年（*为通信作者）

[1]XiaokeMa*，DiDong,QuanWang.Communitydetectioninmulti-layernetworksusingjointnonnegativematrixfactorization.IEEETransactionsonKnowledegandDataEngineering.31(2):273-286.2019CCFA,IF=3.48

[2]XiaokeMa*,PenggangSun,Zhong-YuanZhang.Anintegrativeframeworkforproteininteractionandmethylationdatatodiscoverepigeneticmodules.IEEE/ACMTrans.Comp.Bio.andBioin.DOI:10.1109/TCBB.2018.281666,2018中科院II区，CCFB,IF=1.97

[3]JianbangZhao,XiaokeMa*.MultiplepartialregularizednonnegativematrixfactorizationforpredictingontologicalfunctionsoflncRNAs.FrontiersinGenetics.9:685.2019.中科院II区，IF=4.21

[4]XiaokeMa*，DongyuanLi,ShiyinTan,ZhihaoHuang.Detectingevolvingcommunitiesindynamicnetworksusinggraphregularizedevolutionarynonnegativematrixfactorization.PhysicaA.530:121279.中科院III区，IF=2.50

[5]XiaokeMa*,ShiyinTan,DongyuanLi,WenmingWu,PenggangSun,MaoguoGong.Anintegrativeframeworkofheterogeneousgenomicdataforcancerdynamicmodulesbasedonmatrixdecomposition.BMCGenomics.Accepted.中科院II区，IF=4.14

[6]DongyuanLi,XiaokeMa*.Nonnegativematrixfactorizationfordynamicmodulesincancertemporalnetworks.IEEEconferenceonBioinformaticsandBiomedicine(IEEEBIBM).accepted,2019.CCFB

[7]ZuhengXia,JingjingDeng,XianghuaXie,XiaokeMa*.Transferlearningforgeneprioritization.IEEEconferenceonBioinformaticsandBiomedicine(IEEEBIBM).accepted,2019.CCFB

[8]XiaokeMa*,BenhuiZhang,ZhiyuMa,ChangzhouMa,ZuhengXia.Co-regularizedNonnegativeMatrixFactorizationforEvolvingCommunityDetectioninDynamicNetworks.InformationSciences.Inrevision.

[9]TengtengYu,ChenxingDu,ZhenYu,LantingLiu,ZhaoLei,ZhongqingLi,JieXu,XiaojingWei,ShuhuiDeng,DehuiZou,GangAn,Yu-TzuTai,GuidoTricot,XiaokeMa*,LuguiQiu*,FenghuangZhan*,MuHao*.PHF19PromotesDrugResistanceviaIncreasedEZH2PhosphorylationinMultipleMyeloma.JournalofHematology&Oncology.Inrevision.

[10]XiaokeMa*,JingjingDeng.Jointnonnegativematrixfactorizationandnetworkembeddingforgraphco-clustering.Insubmission.

[11]DongyuanLi,XiaokeMa*.Dynamiccommunitydetectionbyfusingnetworkembeddingandnonnegativematrixfactorization.Insubmission.

[12]ZhihaoHuang,XiaoxiongZhong,MaoguoGong,XiaokeMa*.Communitydetectioninattributenetworksbydynamicallyjointnodeattributesandtopologicalstructure.Insubmission.

[13]ShiyinTan,XiaokeMa*.jointfeatureextractionandmulti-labellearningfortemporallinkprediction.Insubmission.

2018年

[1]LongGao,UzunYasin,PengGao,BingHe,XiaokeMa,JiahuiWang,JindongHan,KaiTan.Identifyingnoncodingriskvariantsusingdisease-relevantregulatorynetworks.NatureCommunications.8:702,2018中科院I区，IF=12.14

[2]XiaokeMa*,WanxinTang,etal.Extractingstage-specificanddynamicmodulesthroughanalyzingmultiplenetworksassociatedwithcancerprogression.IEEE/ACMTrans.Comp.Bio.andBioin.15(8):647--658,2018中科院II区，CCFB,IF=1.97

[3]XiaokeMa*,PenggangSun,GuiminQin.Identifyingcondition-specificmodulesbyclusteringmultiplenetworks.IEEE/ACMTrans.Comp.Bio.andBioinfo.15(5):1636-1648,2018中科院II区，CCFB,IF=1.97

[4]XiaokeMa*,BingboWang,LiangYu.Semi-supervisedspectralalgorithmsforcommunitydetectionincomplexnetworksbasedonequivalenceofclusteringmethods.PhysicaA.490(2018)786--802.中科院III区，IF=2.48

[5]XiaokeMa*,PenggangSun,YuWang.Graphregularizednonnegativematrixfactorizationfortemporallinkpredictionindynamicnetworks.PhysicaA.496(2018)121--136.中科院III区，IF=2.48

[6]XiaokeMa*,PenggangSun.Fusingheterogeneousgenomicdatatodiscovercancerprogressionrelateddynamicmodules.IEEEconferenceonBioinformaticsandBiomedicine(IEEEBIBM).pp.114-121,2018.CCFB

[7]EnliZhang,XiaokeMa*.Regularizedmulti-viewsubspaceclusteringforcommonmodulesacrosscancerstages.Molecules.23,1016.中科院III区，IF=3.42

[8]付立东，马小科*.进化谱分算法检测动态网络社团结构.西安电子科技大学学报.45(2):43-48.2018EI

2017年

[1]XiaokeMa*，DiDong.EvolutionaryNonnegativeMatrixFactorizationAlgorithmsforCommunityDetectioninDynamicNetworks.IEEETrans.Know.&Data.Eng.29(5)1045-1058CCFA,IF=3.48 [2]FengyinLi,BingHe,XiaokeMa,ShuyangYu,RupaliR.Bhave,StevenR.Lentz,KaiTan,MonicaL.Guzman,ChenZhao,Hai-HuiXue.ProstaglandinE1andItsAnalogMisoprostolInhibitHumanCMLStemCellSelf-RenewalviaEP4ReceptorActivationandRepressionofAP-1.CellStemCell.21(2017)1--15中科院I区，IF=23.96封面论文Cell出版社评价“最透明”与“最具同行评议”论文

[3]XiaokeMa*,PenggangSun,GuiminQin.Nonnegativematrixfactorizationalgorithmsforlinkpredictionintemporalnetworksusinggraphcommunicability.PatternRecognition.71(2017)361-374CCFB,IF=4.99 [4]PenggangSun,XiaokeMa*.Dominatingcommunitiesforhierarchicalcontrolofcomplexnetworks.InformationSciences.414(2017)247--259CCFB,IF=4.96 [5]WanxinTang，DongmeiZhang,XiaokeMa*.RNA-SequencingRevealsGenome-WideLongNon-codingRNAsProfilingAssociatedwithEarlyDevelopmentofDiabeticNephropathy.Oncotarget.8（62）105832--105847中科院I区，IF=5.96 [6]XiaokeMa,ZaiyiLiu,ZhongyuanZhang,XiaotaiHuang,WanxinTang*.Multiplenetworkalgorithmforepigeneticmodulesviatheintegrationofgenome-wideDNAmethylationandgeneexpressiondata.BMCBioinformatics.1:18中科院II区，IF=2.67 [7]PenggangSun,XiaokeMa*.Understandingthecontrollabilityofcomplexnetworksfromthemicrocosmictothemacrocosmic.NewJournalofPhysics.19:013022中科院II区，IF=3.69 [8]PenggangSun,XiaokeMa*.Controllabilityandobservabilityofcascadingfailurenetworks.JournalofStatisticalMechanics:TheoryandExperiment.2017:043404中科院II区，IF=2.49 [9]PeizhuoWang,LinGao,XiaokeMa*.Dynamiccommunitydetectionbasedonnetworkstructuralperturbationandtopologicalsimilarity.JournalofStatisticalMechanics:TheoryandExperiment.2017:013401中科院II区，IF=2.49

[10]PenggangSun,XiaokeMa*.Understandingcontrolofnetworkspreadingfromnetworkcontrollability.JournalofStatisticalMechanics:TheoryandExperiment.2017:093405中科院II区，IF=2.49 [11]XiaokeMa*,PeizhuoWang,LiangYu,XiaofeiYang.DiscoveringDNAmethylationpatternsforlongnon-codingRNAsassociatedwithcancersubtypes.ComputionalBiologyandChemistry.69:164--170中科院III区，IF=1.67APBC2017推荐

[12]PenggangSun,XiaokeMa*.Dominatingcomplexnetworksbyidentifyingminimumskeletons.Chaos,SolitonsandFractals.104:182--191.中科院IV区，IF=1.45

[13]XiaokeMa*,PenggangSun,JianbangZhao.Multi-objectiveoptimizationalgorithmtodiscovercondition-specificmodulesinmultiplenetworks.Molecules.22,2228.中科院III区，IF=3.40

2016-2013年

[1]XiaokeMa,LongGao,GeorgiosKaramanlidis,etal.RevealingPathwayDynamicsinHeartDiseasesbyAnalyzingMultipleDifferentialNetworks.PLoSComput.Biol.2015:e1003442CCFB,IF=6.32

[2]XiaokeMa,LongGao,KaiTan.Modelingdiseaseprogressionusingdynamicsofpathwayconnectivity.Bioinformatics.2014,30:2343--2350中科院I区，CCFB,IF=7.32

[3]XingliGuo,LinGao,QiLiao,HuiXiao,XiaokeMa,XiaofeiYang,HaitaoLuo,GuoguangZhao,DechaoBu,FeiJiao,QixiangShao,RunShengChen*andYiZhao.Longnon-codingRNAsfunctionannotation:aglobalpredictionmethodbasedonbi-colorednetworks.NuclearAcidsResearch.2013,41:e35.中科院I区，CCFB,IF=10.14

[4]FengLi,LinGao,XiaokeMa,XiaofeiYang.Detectionofdriverpathwaysusingmutatedgenenetworkincancer.MolecularBioSystem.2016,中科院III区，IF=3.29

[5]LiangYu,BingboWang,XiaokeMa,LinGao.Theextractionofdrug-diseasecorrelationsbasedonmoduledistanceinincompletehumaninteractome.BMCSystemsBiology,2016,10(Suppl4):111中科院II区，IF=2.33

[6]LiangYu,XiaokeMa,LongZhang,JingZhao,LinGao.Predictionofnewdrugindicationsbasedonclinicaldataandnetworkmodularity.ScientificReports.2016,6:32530中科院II区，IF=4.33

2012-2010年

[1]XiaokeMa*,LinGao.Predictingproteincomplexesinproteininteractionnetworksusingacore-attachmentalgorithmbasedongraphcommunicability.InformationSciences.2012,189:233--254.CCFB,IF=4.96

[2]XiaokeMa，LinGao*.Biologicalnetworkanalysis:insightsintostructureandfunctions.BriefingsinFunctionalGenomics.2012,6:434--442.中科院II区，IF=4.26

[3]XiaokeMa,LinGao*.Discoveringproteincomplexesinproteininteractionnetworksviaexploringtheweaktieseffect.BMCSystemsBiology.2012,6(Suppl1):S6.中科院II区，IF=2.33

[4]付立东，高琳，马小科.基于社团检测的复杂网络中心性方法.中国科学：信息科学，42（5）：550-560.2012.中科院II区，CCFB

[5]XiaokeMa*.LinGao.DetectingproteincomplexesinPPInetworks:Therolesofinteractions.IEEEInternationalConferenceonSystemsBiology.pp.52-592011.

[6]XiaokeMa*，LinGao.Non-traditionalspectralclusteringalgorithmsforthedetectionofcommunitystructureincomplexnetworks:acomparativeanalysis.JournalofStatisticalMechanics:TheoryandExperiment.2011:P05012中科院II区，IF=2.49 [7]XiaokeMa*,LinGao,XuerongYong,LidongFu.Semi-supervisedclusteringalgorithmforcommunitystructuredetectionincomplexnetworks.PhysicaA.2010,389:187--197.中科院III区，IF=2.48

[8]XiaokeMa*,LinGao,XuerongYong.Eigenspacesofnetworksrevealtheoverlappingandhierarchicalcommunitystructuremoreprecisely.JournalofStatisticalMechanics:TheoryandExperiment.2010:P08012中科院II区，IF=2.49

[9]LidongFu,LinGao,XiaokeMa.Acentralitymeasurebasedonthespectraloptimizationofmodularitydensity.SciencesinChinaSeriesF.2010,53:1727--1737CCFB，IF=1.37