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李奇渊

教授

所属大学: 厦门大学

所属学院: 医学院

邮箱:
qiyuan.li@xmu.edu.cn

个人主页:
https://med.xmu.edu.cn/info/1236/4578.htm

个人简介

学习经历 2006.07-2011.01 丹麦科技大学 系统生物学 博士 2004.08-2006.04 丹麦科技大学 生物信息学 硕士 2000.9-2003.07 厦门大学 细胞生物学 硕士 1996.9-2000.7 华东理工大学 本科 工作经历 2017.11- 至今 厦门大学医学院,教授 2012.03-2017.10 厦门大学医学院,副教授 2010.03-2012.03 哈佛大学癌症中心,博士后

研究领域

1.肿瘤演进研究:运用统计学模型从遗传多态性,体细胞变异,表观基因组学和基因表达等多组学数据中寻找与肿瘤分型,预后,靶向治疗敏感性等临床特征有关的决定因子并解释其调控机制;在此基础上建立基于多组学关联的复杂网络模型,应用人工智能方法发现新的肿瘤驱动基因 2.染色质三维结构预测:基于图神经网络的跨细胞系染色质三维结构预测,利用GCN框架预测跨细胞系Hi-C数据和表达数量性状位点(Expression Quantative Trait Loci, eQTL) 3.单细胞转录组算法研究:基于K-means和Louvain的大型单细胞聚类算法;基于最小无偏代表点(MURP)的降采样算法;基于单细胞转录组的时间分化轨迹研究;基于单细胞转录组的空间重构 4.利用单细胞测序技术研究母胎界面免疫微环境中T淋巴细胞演进路线的重建及其转录调控;利用单细胞测序技术研究吸烟对于肺癌免疫微环境的影响 5.基于无创产前检测(NIPT)的体细胞突变图谱与肿瘤的关联性研究 6.医保大数据研究:医保定点医药机构布局规划专项业务,本项目应用网格化地理信息管理和大数据技术,实现对城市参保人口医保资源有效供给的精准化评价和管理,对城市新增定点医疗机构和药店的地理设置提供实时评估和咨询;向医保管理部门和社会提供实时精准的资源呈现,为医保定点医疗机构存量管理和增量规划提供统计依据

近期论文

1. Huanhuan Liu, Qinwei Chen, Jintao Guo, Ying Zhou, Zhiyu You, Jun Ren, Yuanyuan Zeng, Jing Yang, Jialiang Huang, Qiyuan Li*. Epigenome-augmented eQTL-hotspots reveal genome-wide transcriptional programs in 36 human tissues. Briefings in Bioinformatics.2024, 25(3): bbae109. 2. Qingqing Qin, Ying Zhou, Jintao Guo, Qinwei Chen, Weiwei Tang, Yuchen Li, Jun You, Qiyuan Li*. Conserved methylation signatures associate with the tumor immune microenvironment and immunotherapy response. Genome Medicine. 16, 47 (2024). 3. Jun Ren, Xuejing Lyu, Jintao Guo, Xiaodong Shi, Ying Zhou, Qiyuan Li*. CDSKNNXMBD: a novel clustering framework for large-scale single-cell data based on a stable graph structure. Journal of Translational Medicine.2024, 22(1): 233. 4. Xuejing Lyu, Shaona Wang, Jiaxin Zhong, Lingzhu Cai, Yanhui Zheng, Ying Zhou, Ying Zhou, Qionghua Chen, Qiyuan Li*. Gut microbiome interacts with pregnancy hormone metabolites in gestational diabetes mellitus. Frontiers in Microbiology. 2023, 14. 5. Jintao Guo, Ying Zhou, Chaoqun Xu, Qinwei Chen, Zsófia Sztupinszki, Judit Börcsök, Canqiang Xu, Feng Ye, Weiwei Tang, Jiapeng Kang, Lu Yang, Jiaxin Zhong, Taoling Zhong, Tianhui Hu, Rongshan Yu, Zoltan Szallasi, Xianming Deng, Qiyuan Li*. Genetic Determinants of Somatic Selection of Mutational Processes in 3,566 Human Cancers. Cancer Research. 2021, 81(16):4205-4217 其他发表论文链接:https://scholar.google.com/citations?user=WGvpT-8AAAAJ&hl=zh-CN