分子遗传学：基于分子进化的中性学说和溯祖理论，利用线粒体DNA、微卫星标记、核基因等分子遗传标记，通过重建和分析近缘生物类群的系统发育关系与其空间、时间分布格局间的相关性，结合相关的古地质学事件，探讨物种进化历程。通过对全基因组的测序，结合相关生物信息学方法，探讨可维吉尼亚链霉菌可以有效代谢甾体药物（类固醇类激素）的分子机理，从而为生物转化合成新的甾体药物提供理论基础。

[1]Wang SY, Luo J, Murphy RW, Wu SF, Zhu CL, Gao Y, Zhang YP. Origin of Chinese goldfish and sequential loss of genetic diversity accompanies new breeds. PLoS ONE. Volume 8, Issue 3, e59571.

[2]Gao Y#, Wang SY#, Luo J, Murphy RW, Du R, Wu SF, Zhu CL, Li Y, Poyarkov AD, Nguyen SN, Luan PT, Zhang YP (2012) Quaternary palaeoenvironmental oscillations drove the evolution of the Eurasian Carassius auratus complex (Cypriniformes, Cyprinidae). Journal of Biogeography 39: 2264 2278. （#共同第一作者）